Universidad de Carabobo

Facultad de Ciencias de la Salud

Dirección de Investigación y Producción Intelectual

Programas de Simulación para Investigación y Docencia

(Hemos eliminado los enlaces, debido a la continua actualización de la información en Internet, se agradece buscar el programa de su preferencia mediante un buscador. Ej. Google, Yahoo entre otros)

NEUROTRAUMA

Simulador de lesiones cerebrales traumáticas basado en modelos matemáticos de la fisiopatología del neurotrauma, presenta un neuromonitor de isquemia cerebral, imágenes ecosonográficas corporales a tiempo real y múltiples visualizaciones de parámetros de cuidado intensivo.

BIODYNAMICA

Simula la evolución biológica de organismos portadores de hasta 20 genes diferentes. Sociodynamica: simula comportamiento de sociedades humanas en base a la visión de Adam Smith plasmada en "The Wealth of nations". Ambos simuladores son trabajos del Dr. Klaus Jaffé, Lab. de Comportamiento, Universidad Simón Bolívar

SOCIODYNAMICA

Sociodynamica: simula comportamiento de sociedades humanas en base a la visión de Adam Smith plasmada en "The Wealth of nations" Trabajo del Dr. Klaus Jaffé, Lab. de Comportamiento, Universidad Simón Bolívar.

VENTGAS

Simulador de ventilación artificial y gases arteriales: se basa en un modelo matemático simplificado de la respiración humana y la dinámica cardiovascular. Simula los flujos pulmonares, intercambio de oxígeno pulmonar y tisular, así como el transporte de oxígeno por el sistema circulatorio en pacientes sometidos a ventilación mecánica con presión controlada. Corre en línea.

RUTINAS DE FARMACOCINÉTICA EN EXCEL

Rutinas de farmacocinética en Excel elaboradas por J. Usansky, A. Desai, y D. Tang-Liu. Simulación en línea de la dinámica muscular ocular y de sus alteraciones dadas por lesión en cualquiera de los músculos extraoculares y/o pares craneanos relacionados. Incorpora respuestas pupilares.

EYE SIMULATIONS

Simulación en línea de la dinámica muscular ocular y de sus alteraciones dadas por lesión en cualquiera de los músculos extraoculares y/o pares craneanos relacionados. Incorpora respuestas pupilares.

QCP3

Fisiología clínica cuantitativa. Simula con precisión situaciones multiparamétricas fisiológicas como circulación, respiración, función renal, hormonas, sistema nervioso, metabolismo, balance ácido-base, termorregulación, todo integrado en un modelo.

CVSIM

Simulador cardiovascular en línea, presenta gráficos dinámicos de presión/volumen ventricular, volumen/presión ventricular y aórtico vs tiempo, permite modificar en forma dinámica pre y postcarga, contractilidad miocárdica y frecuencia cardiaca.

RAT V3.2.6

Simulación del sistema cardiovascular de la rata elaborado por John Dempster de la Universidad Strathclyde, simula en forma dinámica el experimento de espinalización de la rata con registro continuo de la presión arterial, presión del ventrículo izquierdo, presión venosa, frecuencia cardiaca, fuerza contráctil ventricular. Permite administrar mas de 22 drogas diferentes en varias dosis y definir hasta 10 nuevas drogas. Incluye estimulación nerviosa vagal, renal, adrenal, todo con o sin espinalización. Software: Completo, gratis, explicación del montaje experimental y farmacología

PLEXUS

Simulador de la actividad eléctrica del sistema neuroenterico creado por Kelly y Thomas del Enteric Neuroscience Lab, Dep.of Physiology, University of Melbourne, Australia. Modela gran cantidad de neuronas individualizadas para estudiar las propiedades básicas de la red neuronal entérica. Genera imágenes de actividad eléctrica multineuronal y su evolución en el tiempo.

QUB

Website: http://www.qub.buffalo.edu/ Programa desarrollado por la Research Foundation State University of New York, para adquirir, analizar y simular la actividad de canales iónicos de la membrana celular, posee filtrado, detecta transiciones, calcula y ajusta constantes, cinética multicanal, SKM, MIL, MPL, exporta a Excel. Trabaja con formatos .abf, .pul, .ldt, .dat, .qdf, .txt, .wav, .dwt. Maneja tarjetas National Instruments, Data Translation o cualquier tarjeta de sonido. Software: Completo, gratis, documentado con publicaciones y guía de usuario. Requerimientos: Pentium, Windows 9X,NT, 2K, (XP ¿?) .

PHA_SIMULATIONS

Simulaciones farmacológicas en línea o bajo Excel desarrollados por Hartmut Derendorf y Guenther Hochhaus: modelos de uno y dos compartimientos, IV bolus, dosis única o múltiple, metabolismo, absorción oral, PK/PD, Acción hepática y renal. Software: Completo (en línea o bajado como add-in de Excel), gratis, documentado. Requerimientos: Pentium, Windows 9X, NT, 2K, XP.

PHYSIOFRIEND

Simulador de neuronas retinianas y corticales y de sus campos receptivos. Permite simular las descargas neuronales usando la tarjeta de sonido del computador (audio monitor) de células como: fotorreceptores, horizontales, bipolares, ganglionares y corticales. El estímulo puede ser diversos patrones de orientación, contraste, tamaño en el campo visual. Software: Escrito en Java, completo, gratis, documentado con publicaciones y guía de usuario. Requerimientos: Java actualizado, Pentium, Windows, Linux o Mac.

CESLAB

Simulador de actividad eléctrica miocárdica, usa redes neurales para el cálculo de patrones del ECG, vectocardiografía, mapeo eléctrico del dorso corporal, gradientes 2D y 3D de la amplitud, latencia y repolarización de los potenciales miocárdicos normales o patológicos. Genera animaciones de alta calidad. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: sólo para Mac.

SKILLSTAT

Simulador de Electrocardiografía, presenta los 26 patrones más importantes del ECG humano. Software: Completo, gratis. Requerimientos: Pentium, Windows o Mac.

HHSIM: GRAPHICAL HODGKIN-HUXLEY SIMULATOR

Permite la simulación de membranas excitables usando las ecuaciones de Hodgkin-Huxley. Acceso completo a los parámetros de las ecuaciones. Escrito por D Touretzky, M Albert, N Daw, A Ladsariya de la Universidad Carnegie Mellon.

DMS DYSTROPHIC MUSCLE SIMULATOR

Presenta la evolución de las fibras musculares en la distrofia muscular, indicando mediante imagen en mosaico las fibras necróticas, regeneradas, revertidas, fibrosadas, respuesta terapéutica con administración de medicamentos en esquemas y tiempos a seleccionar, efecto del transplante de médula ósea. Producido por Garcia, L., Peltekian, E., Pastoret, C., Israeli, D., Armande, N., and Parrish, E. (1999) y publicado: "Computerised dystrophic muscle simulator: prospecting potential therapeutic strategies for muscle dystrophies using a virtual experimental model" J Gene Med, 1(1), 43-55. Corre en linea para PC, Mac y terminales X. Download posible. Escrito en Java. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Pentium, Mac o X, Java instalado.

BACSIM

Simulación del crecimiento bacteriano en las paredes de un biorreactor. Presenta la interacción entre bacterias nitrificantes, concentración de nitrógeno, producción de sustancias poliméricas extracelulares. Escrito por Jan-Ulrich Kreft del Dpto. de Biología Teórica de la Universidad de Bonn, Alemania. Software: Escrito en Java, Completo, gratis, corre en línea, documentado. Requerimientos: Pentium/, Win 95, 98, Me, 2K, NT, XP(?).

SARS OUTBREAK

Presenta la diseminación intrahospitalaria del virus del SARS, permite manejar múltiples variables, adoptar medidas terapéuticas y sanitarias para reducir la diseminación y el número de casos. Website: http://eprentice.sdsu.edu/F03670/sarsim/. Software: Escrito en Java, Completo, gratis, corre en linea, documentado. Requerimientos: Pentium/, Win 95, 98, Me, 2K, NT, XP(?), MacIntosh, Linux.

XNBC

Paquete de simulación de redes neuronales biológicas. Simula, segmentos neuronales, neuronas, clústeres neuronales, redes, núcleos, sinapsis, conductancias, registros simultáneos. Las descargas son analizadas tanto convencionalmente como con métodos de procesos puntuales y series de tiempo. Website: http://www.b3e.jussieu.fr/xnbc/ Software: Linux, Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Pentium/, Linux, Windows 9x/2k (con Cygnust)

BI-DIRECT5.ZIP.EXE, SHUNT DIAGNOSIS.ZIP.EXE, QP/QS.ZIP.EXE, DYSHB.ZIP.EXE

Grupo de programas de simulación para Análisis fisiológico y clínico de los cortocircuitos arterio-venosos y/o intracardiacos, oximetría, cateterización, flujo sanguíneo, saturación de oxígeno, defectos septales, Qp/Qs, saturación fraccional, respiración, tratamientos. Producidos por Shepherd et al., del Dpto. de Fisiología, Universidad de Texas, San Antonio. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP, Mac

NEUROCIRUGÍA
DE LA NEURALGIA
DEL NERVIO TRIGÉMINO

Simulación basada en la Web para la inserción percutanea de una aguja para rizotomía trigeminal. Neurocirugía virtual programada en Java usando realidad virtual por Ying Li, Escuela de Computación, Universidad de Leeds, Reino Unido. Software: En línea, documentado. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP, Mac

BERTY002.ZIP

Simulador de redes neuronales con células ponderadas, muestra la actividad neuronal en tiempo real así como los trazados del EEG en los sitios seleccionados de la red. Permite aplicar estímulos en sitios elegidos, simular grandes redes a alta velocidad, resultados en 2D, células volumétricas en red 3D. Desarrollado por P. Tipping. Software: Código de máquina, Corre en DOS. Requerimientos: 80X86, Pentium, Windows 9x/2k/NT/XP (Modo DOS).

SELSIM

Simula datos de genética poblacional en los cuales se produce una selección natural en sitio único. Indica patrones de diversidad genética sugestivos de una forma particular de selección natural. Estos datos permiten detectar regiones genómicas con presiones selectivas históricas. Download: http://www.stats.ox.ac.uk/%7Espencer/SelSim/Controlfile.html . Software: Completo, documentado con publicaciones, gratis, Requerimientos: Pentium, Windows 9x/2k/NT/XP.

IONZ

Simulador del sistema de pH corporal. Permite calcular las concentraciones de todos los componentes del sistema y estequiometría. Muy bien documentado, e-book incluido. Describe las ecuaciones. Software: Java applet copiable, corre en línea, documentado. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP, Mac.

CFS

Simula la fisiología del líquido coclear, difusión de drogas y solutos en el oído interno, flujos líquidos, modelos de cóclea de humano y 6 animales, usado para el estudio del Síndrome de Meniere. Producido por A. Salt del Dpto. ORL de la Universidad de Washington. Software: Completo, gratis, bien documentado. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP.

GEPASI

Permite el modelado de sistemas bioquímicos, simulando la cinética de sistemas de reacciones bioquímicas. Aporta un gran número de herramientas de ajustar modelos a data, optimizar cualquier función al modelo, realizar análisis de control metabólico y de estabilidad lineal Realiza cálculos químico/matemáticos. De precisión. Usado en investigación y docencia. Generado en el Instituto de Bioinformática del Virginia Tech, USA. Software: Completo, gratis, bien documentado, con publicaciones. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP.

MCSIM

Permite programar modelos toxicológicos dinámicos, ecuaciones diferenciales, simulaciones estocásticas Monte Carlo, inferencia Bayesiana mediante simulaciones con cadenas Marcovianas. Desarrollado por Bois et al., del Instituto Nacional del Ambiente de Francia. Software: Escrito en C, programa fuente, gratis, documentado, publicaciones. Requerimientos: Compilador C para obtener ejecutables, Windows 3.X/9x/2k/NT/XP.

EVOLVE

Simulación de vida artificial, con universo bidimensional que evoluciona según reglas definibles que incluye procesos de replicación y selección acumulativa. Generado por K Stauffer. Software: Escrito en Eiffel, completo, gratis, bien documentado. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP.

ON-LINE PHARMACOKINETIC SIMULATIONS

Simulador en línea o en hojas Excel, de modelos farmacocinéticos de uno o dos compartimientos, dosis oral ó IV, volumen de distribución, metabolismo, PK/PD, absorción. Producido por Ned Phillips de la Universidad de Florida. Software: Completo, gratis, bien documentado, problemas a resolver. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP, explorador, Excel.

ONLINE CELLULAR SYSTEMS MODELLING

Potente programa de simulación metabólica capaz de incluir más de 50 enzimasy 50 factores y 50 productos simultáneamente. Los modelos de la base dedatos están agrupados en tres categorías: Célula de silicón, Modeloscentrales y Modelos demostrativos. Todos ellos documentados con lasecuaciones correspondientes. Colaboración entre lasUniversidades Stellenbosch (Sudáfrica) y Vrije Amsterdam (Holanda). Software: Escrito en Java, gratis, completo, on-line ( con versiones para copiar). Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP, explorador, Java actualizado.

PICARD

Simulador de redes neurales caóticas, mapas logísticos, auto-organización. Generado en el Instituto de Ciencias Cerebrales, Saitama, Japón. Software: Auto ejecutable. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP.

NEUROLOGICAL EYE SIMULATOR

Simulador online de los movimientos oculares demostrando los efectos de lesiones individuales o múltiples de 12 músculos oculares y 6 pares craneales relacionados con el movimiento ocular. Generado en la Universidad de California (Davis). Software: Completo, documentado, basado en Macromedia, corre online. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP, Mac, Explorador y Macromedia Shockwave plug-in.

CTSIM

Simulador de Tomografía Computarizada, con manejo de los parámetros físicos y sus efectos sobre la imagen, aplicación de filtros, procesamiento de la imagen, formas de visualización y de reconstrucción de la imagen. Creado bajo el concepto GNU/Linux. Software: Gratis, completo, documentado, con soporte. Requerimientos: Windows 2k/NT/XP, se requiere WX-Windows (gratis).

IMMSIM

Simulador del sistema inmune con capacidad de generar las interacciones entre células del sistema inmune: Células B, T, macrófagos, así como antígenos, anticuerpos, linfocinas y cualquier otro factor según las necesidades del investigador. Permite además realizar modelos de selección Clonal y respuesta humoral. Utiliza la técnica informática del autómata hipercelular. Muy útil como herramienta de investigación y docencia

AIDA

Simulador de la interacción glucosa-insulina y de la dosis de insulina-dieta en diabetes mellitus humana para fines docentes y de investigación. Simula los cambios de glicemia, glucógeno hepático, absorción intestinal de glucosa, función renal y otros parámetros como resultado de la administración de insulina y la dieta en pacientes DM-II.

ECGSIM

Excelente simulador de ECG, con representación y rotación 3D del miocardio y tórax, derivariones múltiples, vectocardiografía, mapping cardiaco y de tórax, así como del potencial de acción de fibras y regiones.

GHEMICAL
(LINUX)

Software de química computacional para estudios de modelos en mecánica cuántica (semi empíricos y ab initio) y mecánica molecular, modelos reducidos de proteínas, optimización geométrica, dinámica molecular. Posee gran cantidad de herramientas de visualización. Producido por Acton, Banck, Bréfort et al. De la Universidad de Finlandia. Escrito en C++, GNU-GPL, completo, gratis, buena documentación. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP o UNIX.

PHYSIOLOGY LAB

Paquete con programas de simulación en fisiología que incluyen, Potencial de acción (3), músculo, Frank-Starling, huso espiral, pinza de voltaje, modelos presión-volumen, filtración capilar. Producidos por los
departamentos de Fisiología de las Universidades de Tailandia y de Texas. Software: Ejecutable, completo, pequeño tamaño, fácil de usar, gratis. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP.

SNNAP

Simulator for Neural Networks and Action Potentials Versión 8. Herramienta para el rápido desarrollo, simulación y análisis de modelos realistas de neuronas y redes neuronales. Permite incluir corrientes iónicas, segundos mensajeros, flujos iónicos en modelos multicompartamentales neuronales, acoplamiento eléctrico, modulación de corrientes de membrana y transmisión sináptica inhibitoria y excitatoria. Software: Ejecutable, completo, tutoriales y documentación extensa, gratis. Requerimientos: Windows 9x/2k/NT/XP, Java, Windows, Linux, Mac.

PAQUETE DE SIMULADORES

Paquete de simuladores: Starling, Nernst, Nernst y potencial de acción, Músculo, Huso muscular, Filtración capilar, Potencial de acción, Darrow-Yannet, Modelo Presión-Volumen, Sinapsis, Sistema nervioso Central, Pinza de Voltaje, Análisis de Pinza de Voltaje. Producidos por Davis, Petersen y Granger, del Dpto. de Fisiología Médica de la Universidad de Texas (TAMU).

ELECTROPHORESIS

Simulador de electroforesis de proteínas, permite correr patrones, variar el % de acrilamida y el voltaje de la corrida. Grafica migración Vs. Peso molecular, realiza estadística de bondad de ajuste. Generado por Paul Craig y Dave Mix, Dpto. de Química del Instituto de Tecnología de Rochester, USA

JAVA, JAVA SCRIPT AND OTHER IN CHEMISTRY

Extensa recopilación de simuladores y animaciones de bioquímica y química analítica. Estequiometría, aminoácidos, ácidos nucleicos, titulación, Michaelis-Menten, equilibrio, reacciones, espectros, etc. Recopilado por B. Herrero, Dpto. de Química, Universidad del Sur de California, USA

EQUILIBRATE

Simulador de bioquímica y biología molecular para el análisis de interacciones moleculares. Calcula gráfica y analíticamente: estado estable, equilibrio dinámico, constantes de disociación, interacción receptor-ligando, factor de transcripción-ADN y subunidades regulatorias de enzimas con subunidades catalíticas.

COCHLEAR FLUIDS SIMULATOR

Permite el análisis de los fluidos cocleares así como de la administración y distribución de medicamentos via ventana redonda, perfusión y muestreo en perilinfa, flujo longitudinal en las tres escalas y en varios modelos animales. Generado por la Universidad de Washington.

CESLAB

Simulador electrofisiológico cardíaco, animaciones 3D a full color de activaciones y repolarizaciones, EKG de 12 derivaciones, electrogramas unipolares, vectocardiograma, mapeo de superficie, ciclo cardiaco y más.

VIRTUAL MOLECULAR DYNAMICS LABORATORY SUITE

Conjunto de 4 simuladores de dinámica molecular: termodinámica a gran escala (modelo Lennard-Jones), interacciones moleculares, comportamiento de partículas microscópicas, reproductor de videos moleculares, modelos simples de polímeros usando el método de IGSAW que evita la autointersección.

DMSP RADIOLABELING KINETICS SIMULATOR

Permite el cálculo de una gran cantidad de parámetros metabólicos y farmacocinéticos, vías metabólicas, concentraciones de sustratos, enzimas y productos, compartimientos, curvas cinéticas. Autor: A Hanson et al., Dpto. de Horticultura y Arquitectura Agraria, Universidad de Purdue, Indiana, USA Disponible en Visual Basic o como Java Applet (online). Requerimientos: Cualquier plataforma con acceso a internet (Java) o tener Visual Basic 5 instalado.

POPULATION CALCULATOR

Simulador de crecimiento poblacional con 11 parámetros de control, entre ellos número de jóvenes, maduros y ancianos, décadas a simular, tasa de nacimientos, estado estable, crecimiento lento, crecimiento Malthusiano, influencia de distribución de sexos. Autor: Francis Turner. Requerimientos: Cualquier plataforma con acceso a Internet (Java) o tener instalado Excel.

EASY ARRHYTHMIA

Simulador de arritmias cardiacas, 25 patrones diferentes de la base de datos MIT-BIH, mapas de activación cardiacas 2D, muy documentado con textos e ilustraciones. Autor: EZ cardio software. Requerimientos: Windows 98/Me/NT(SP6)/2000/XP, Pentium III/IV.

BIOSIMPC

Simulador de redes neuronales biológicas. Propiedades activas y pasivas, modelo HH. Autor: Andrick B. Universidad de Kiel, Alemania.

WINSCAMP

Metabolic Simulation and Analysis. Simulador de procesos metabólicos y redes químicas de propósito general. Utiliza un lenguaje sencillo. Incluye flujos, constantes, etc. Autor: Computational Systems Biology, Keck Graduate Institute, California Institute of Technology, U.S.A.

SIM2VIRUS

Simulador de infección competitiva viral, incluye parámetros como tasa de infección, sobrevida viral, forma y tamaño del foco, tiempo de evolución, entre otros. Autor: A. Blumer, Computer Science, Tufts University, Medford, USA.

KARYOTE
CELLX
ROULETTECYTE

Karyote : simulador de genómica, proteómica y de meta-bolismo celular. CellX : simulador de auto-organización celular. RouletteCyte : simulador celular estocástico. Autor: Centro de Teoría Viral y Celular, Universidad de Indiana, USA. Software: Completo, gratis, corre en línea (Java). Requerimientos: registro gratis.

COMPUTER SIMULATION
OF METABOLISM

Permite la simulación de vías metabólicas definidas por el usuario con capacidad de modificar los productos intermedios marcados radioactivamente, concentraciones iniciales, tamaño de los compartimientos y tasas de producción. Autor: D. Rhodes, Dept. of Horticulture & Landscape Architecture, Purdue University, USA.

SIMUL 5

Permite simular movimientos iónicos en soluciones líquidas en campos eléctricos, resuelve arreglos de ecuaciones diferenciales no lineales para movimientos iónicos. Isotacoforesis, electroforesis capilar. Optimiza condiciones de separación. Autor: Grupo de procesos de separación por electromigración, Universidad Karlova, Praga, República Checa.

ENZYME - SUBSTRATE CONVERSION / VELOCITY SIMULATOR

Calcula las relaciones entre concentraciones de enzima, sustrato y producto, temperatura, velocidad de la reacción. Autor: D Carter.

SCHISTOSIM

Simulador de Schistosomiasis basado en el modelo descrito por Anderson and May (1985), permite evaluar el efecto de diversas estrategias de control sobre cantidad de parásitos por personas, evolución en años, epidemiología, contaminación, exposición, huésped intermediario, etc. Autor: Ch Davey, Parasitology Group, Institute of Biological Sciences, Aberystwyth University, Wales, UK.

SPATCH

Permite realizar experimentos en canales iónicos en células completas o en parches de membrana. Canales de sodio, calcio, corrientes iónicas, patrones de descarga neuronal, activación de corrientes iónicas. Simulador autosuficiente, basado en la plataforma Catacomb. Autor: R Cannon y C Hammond, Instituto Mediterráneo de Neurobiología (INMED) del Consejo Francés de Investigaciones Médicas (INSERM).

CELLDESIGNER

Editor de diagramas estructurados que, mediante notación gráfica, permite la representación de modelos de vías bioquímicas y redes de genes regulatorios. Autor: Implementación del modelo de Kitano et al., del portal Systems Biology.org.

THE
RESPIRATORY SYSTEM

Paquete modular capaz de presentar relaciones estáticas y dinámicas, trabajo respiratorio, intercambio alveolar global/individual, curvas de disociación, intercambio ambiente/tejidos, pulmón no uniforme, equilibrio ácido-base. Autores: H.I. Modell y T.W. Modell, National Science Foundation, USA. Software: Completo, múltiples módulos independientes, gratis, documentado. Requerimientos: Windows 98 o superior, o emulador Windows.

BACTERIAL GROWTH

Simulador multiparamétrico de crecimiento bacteriano, muy interactivo, amigable con el usuario, resultados gráficos y analíticos de gran uso en docencia e investigación. Autor: M. Tait, Dept of Molecular & Cell Biology, Marischal College, University of Aberdeen, Reino Unido. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Windows 98 o superior.

ETHANOL PD

Farmacodinámica del etanol, aplicación y cálculo de varios modelos de metabolización y varios métodos matemáticos. Autor: Holford, Universidad Auckland, New Zeland. Software: Completo, gratis, documentado, varias plataformas, Java, DOS, excel, Linux, VisualBasic, QuickBasic. Requerimientos: Windows 9X o superior. Mac OS, Linux.

ORGAN BATH SIMULATOR

Experimentos en asas intestinales y músculo biventer, agonistas, antagonistas, estimulación eléctrica, exporta data. Autor: Dempster J, Department of Physiology & Pharmacology, Strathclyde Institute for Biomedical Sciences, University of Strathclyde, Glasgow, UK. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Windows 9X o superior.

CVSIM

Permite evaluación de las relaciones presión-volumen del ventrículo izquierdo. Pre -post carga, contracción ventricular, frecuencia cardiaca. Autores : Burkhoff D, Kass D, Maughan WL, División de Cardiología , The Johns Hopkins Medical Institutions, USA. Software: Multiplataforma, corre en linea , gratis, documentado. Requerimientos: Windows 9X o superior, Mac , Linux

POPULUS

Biología y ecología evolutiva poblacional, incluyendo: crecimiento independiente o dependiente de densidad, depredador/presa continuo, estructura demográfica y etaria , competencia Lotka - Volterra . Enfermedad microparasitaria . Salidas analíticas y gráficas. Autor : D. Alstad , Ecology, Evolution & Behavior, University of Minnesota. USA . Software: Multiplataforma, corre en línea, gratis, bien documentado. Requerimientos: Windows 9X/2K/NT4.0/ME/XP, MAC OS / Linux / Unix .

HUMAN VENTRICULAR CELL MODEL

Applet que simula la activación de células epi -, endo - y miocardicas humanas, usa el modelo de 17 variables de ten Tusscher , Noble, Noble y Panfilov (J Physiol 2004; 286: H1573-H1589).Calcula y grafica varios ciclos de excitación con más de 16 parámetros, corrientes iónicas, compuertas, entre otros. Software: Multiplataforma, corre en línea, gratis, documentado. Requerimientos: Conexión a internet , Windows, Mac , Linux.

JAVAPK

Programa de simulación y cálculo de farmacocinética clínica. Posee 15 medicamentos modernos entre ellos antirretrovirales . Incluye modelos: Bayesiano , Sawchuk - Zaske , Chiou . Autores: Yung - jin Lee y Jian - ming Lai , Escuela de Farmacia, Universidad Médica Kaoshiung , Taiwan . Software: Multiplataforma, gratis, documentado. Requerimientos: Conexión a internet , Windows, Mac , Linux .

ACTION POTENTIAL LABORATORY

Applet en java que aplica las ecuaciones de HHK presentando el potencial de acción y las conductancias iónicas, permite variar los potenciales de equilibrio, la intensidad del estímulo y las conductancias iónicas máximas. Autores: Yidao Cai , Universidad de Texas y de Wisconsin. Software: Multiplataforma, corre en línea, gratis. Requerimientos: Conexión a Internet, Windows, Mac , Linux

DIASNET

Simulador de paciente diabético insulina dependiente, aporta los niveles plasmáticos de insulina, glucosa, tiempo, permite modificar dosis y tipo de Insulina y la dieta en composición y cantidad. Autores :Grupo de Informática Médica, Dinamarca. Software: Multiplataforma, Applet Java, gratis, documentado. Requerimientos: Conexión a internet , Windows, Mac , Linux.

RADIATION SIMULATOR

Permite desplazar electrones centrales y observar la radiación, elegir las trayectorias  y verificar la radiación sincrotrón. Autores: T Shintake et al. SCSS-Proyect, Japón. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Windows, Mac, Linux.

DIFFUSION LIMITED AGGREGATION

Modelo de crecimiento fractal que permite calcular el número de partículas, dirección (radio) de crecimiento, muertes, agregación y velocidad. Autores: Chi-Hang Lam, Applied Physics, Hong Kong Polytechnic University, usando el modelo de Witten y Sander. Software: Corre en línea, Java applet, completo con código fuente, gratis, documentado. Requerimientos: Windows, Mac, Linux.

POPSIZE (WINDOWS)
Y
 COMPETE (DOS)

PopSize permite calcular poblaciones usando el método de marca y recaptura, incluye mortalidad o migración animal marcada. Compete utiliza el modelo Lotka-Volterra de competencia intra e interespecífica. Graficos de crecimiento vs tiempo. Autor: R Gendron, Biology Department, Indiana University of Pennsylvania, USA. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Windows, DOS.

MCELL:
A MONTE CARLO SIMULATOR OF CELLULAR MICROPHYSIOLOGY

:Simulador de metabolismo y fisiología subcelular con resultados tanto analíticos como gráficos, ofrece gran potencia y precisión, gráficos 2D/3D. Autor: MCell Team, Computational Neurobiology Lab, The Salk Institute for Biology Study, San Diego, USA. Software: Completo, multiplataforma, gratis, documentado. Requerimientos: Windows, Linux, Unix.

W3MCSIM

Simulador Monte Carlo reconfigurable para modelaje interactivo, probabilístico / estadístico. Simula un modelo de ecuación repetidamente por  un número dado de veces con entradas aleatorias de variables, simula experimentos, resultados estadísticos gráficos y analíticos. Basado en la publicación en Computer Methods and Programs in Biomedicine 77:71-79 de Bulis y DiStefano (UCLA, USA). Software: Completo, multiplataforma, gratis, corre en línea, documentado. Requerimientos: Windows, Linux, Unix.

QPAWN

Simulador de gobiernos, dirigentes, políticas de gobierno, economía, popularidad, índices de gestión. Formato de juego en línea con participación global, se inició en el año 1998. Software: Completo, multiplataforma, gratis, corre en línea, documentado. Requerimientos: Windows, Linux, Unix.

STUTTGART
NEURAL NETWORK
SIMULATOR

Generación, evaluación y aplicación de redes neuronales: Backpropagation, forward networks , vanilla, BP momentum term / flat spot elimination, Counterpropagation , Quickprop , Backpercolation , Rprop , RBF, ART1-2-MAP, Cascade Correlation , Recurrent Cascade Correlation , Dynamic LVQ, Backpropagation through time, Quickprop through time, Kohonen maps , TDNN, Jordan networks , Elman , Associative Memory . Desarrollado en la Universidad de Stuttgart y mantenido por la Universidad de Tübingen , Alemania. Software: JAVA, Completo, multiplataforma, gratis, muy documentado. Requerimientos: Windows, Linux , Unix .

NERNST / GOLDMAN
SIMULATOR

Potenciales de difusión, equilibrio, concentraciones y permeabilidades iónicas, temperatura, gráfico y numérico. Desarrollado por M Branch y S. Wright del Colegio de Medicina,  Universidad de Arizona, USA. Software: versiones autoejecutable o en linea, multiplataforma, completo, gratis, muy documentado. Requerimientos: Windows o Mac. Versión web requiere Adobe Flash Player 8.

CELL ILLUSTRATOR

(Sugerido por el Prof. Antonio Fedón, UC-Ingeniería) Construcción y visualización de vías y procesos biológicos. Simulación de de procesos discretos y continuos, animaciones, diagramas de modelos, Importa modelos desde librerías KEGG, análisis y exploración de redes genéticas. Software: versiones autoejecutables o en línea, multiplataforma, completo, gratis, muy documentado. Requerimientos: Windows o Mac. Java Runtime.

QUICKFLU

Usa los parámetros descritos por  Longini et al. (Am. J Epidemiol. 159 (2004): 623-33) para calcular el promedio de infecciones secundarias generadas por el caso índice, visualización y cálculo rápido de las consecuencias de la aplicación de drogas antivirales como intervención ante influenza. Mantenido por M. Eichner y M. Schwehm de ExploSYS y Tübingen University Hospital, the Department for Medical Biometry (IMB). Software: Ejecutable en línea  (Applet), multiplataforma, completo, gratis, muy documentado. Requerimientos: Windows o Mac. Java.

RESPIRATION SIMULATOR V1.0

Ventilación controlada, monitoreo de presión, flujo y volumen. Respirador controlable por 8 parámetros ( Peep , T, Tin , Freq , Tpaus , Tslop , Vt , Vm ) y paciente (pulmón) definible mediante 3 parámetros (R, C, L). Mantenido por : H Gro&#61538 ;, Berlin , Alemania. Software: Ejecutable en línea  ( Applet ), multiplataforma, completo, gratis . Requerimientos: Windows o Mac . Java actualizado.

SIMTRIPLEX

Simula el comportamiento de células inmunes de ratones vacunados y naïve. Usa el modelo generalizado C-ImmSim especializado en carcinoma mamario que incluye células cancerosas, antígenos asociados al tumor, Ab, TC y NK, células vacuna con TAA, IL-12 MHCI alogénico, entre otros parámetros. Mantenido por: S Motta y F Pappalardo, Universidad de Catania, Italia. Software: Ejecutable en línea, multiplataforma, completo, gratis, requiere registro. Requerimientos: Windows o Mac. Java actualizado.

CARDIOWEB

Cálculo gráfico de las relaciones entre gasto cardiaco, presión venosa, volumen arterial, volumen auricular derecho, presión arterial, presión arterial auricular derecha, volumen venoso vs. tiempo. Con mas de 20 parámetros a definir. Software: Ejecutable en línea, multiplataforma, completo, gratis. Requerimientos: Windows o Mac.

SIMSOUP

El programa define tipos moleculares y posibles interacciones entre ellos, define número de moléculas, reactor, tiempo de interacción. Gráficos, redes. Software: Multiplataforma, escrito en linux, completo, gratis. Requerimientos: Windows o Mac.

CC3D

Basado en los modelos de células Potts , con aplicación en morfogénesis, biofilms , cáncer, sistemas biológicos y/o físicos en general. Representaciones analíticas y gráficas 2D/3D, mapeo con escalas de pseudo color. Generado por el Instituto de Biocomplejidad , Universidad de Indiana, USA. Software: Linux, código abierto, completo, gratis. Requerimientos: Windows.

CTSIM

Simula procesos de transmisión de rayos X a través de objetos fantasmas, generando proyecciones y reconstruciones de las imágenes fantasmas, mediante varios algoritmos. Posee capacidad de análisis y procesamiento de imágenes CT. Mantenido por K Rosenberg. Software: Código abierto, GNU, completo, gratis, muy documentado. Requerimientos: Windows o Linux.

ABSTRACTED PROTEIN SIMULATOR

Modela proteínas y sus interacciones en 3D, diseñado para estudio de los autoarreglos de proteínas de  10s hasta 100s en ventanas tiempo-espaciales mejores que otros simuladores. Análisis de densidad de receptores sinápticos, canales iónicos, citoesqueleto , formas proteínicas, sitios de unión, probabilidad de cambios de estado, entre otras funciones. Mantenido por E Grant y F Howell , University of Edinburgh , Reino Unido. Software: Código abierto, GNU, completo, gratis, muy documentado. Requerimientos: Windows o Linux/ Unix , Java

HIT CANCER

Permite evaluar el efecto de las mutaciones sobre la incidencia de cáncer poblacional. Mantenido por NIH, USA. Software: Online, Completo, gratis. Requerimientos: Windows o Linux/Unix, Flash 5.

DIZZY

Simulador estocástico de cinética química, definición de modelos Gillespie, Gibson-Bruck y Tau-Leap. Mantenido por: S Ramsey, CompBio Group, Institute for Systems Biology. USA. Software: GNU, completo, documentado, gratis. Requerimientos: Windows o Linux/Unix, Java 2.

OUTBREAK V2.0

Herramienta de enseñanza interactiva de pre y postgrado sobre el procedimiento de identificación de los agentes causales de epidemias. Mantenido por: Universidad de Nuevo México, USA. Software: Corre en línea, gratis. Requerimientos: Multiplataforma usando el browser para internet .

HEMOSTASIS SIMCPB 1: SIMULATION OF THROMBIN AND FIBRIN GENERATION

Permite evaluar la regulación in vivo de la generación de trombina y fibrina antes, durante y después de un bypass cardiopulmonar. Mantenido por: Dept. of Laboratory Medicine, University of Washington. Software: Completo, muy documentado, gratis. Requerimientos: Corre en Mac . Datos para Windows disponibles en el portal.

THE CARDIOVASCULAR SYSTEM

Permite manejar hasta 60 variables del estado cardiovascular de un paciente simulado. Administra fármacos vasoactivos, evalúa estado del paciente hasta por 10 días seguidos. Aporta resultados gráficos y analíticos (usando windig a partir de los gráficos). Mantenido por: R Min, J de Goeijen, J Sikken ( University of Twente ), y T. Coleman ( University of Mississippi ). Software: Multiplataforma, completo, documentado, gratis. Requerimientos: Java.

POTAC

Simulador de potencial de acción de axón gigante de calamar. Pinza de voltaje y de corriente, cambios de la composición iónica, bloqueo de canales de Na y/o K, ilustra el arreglo experimental, pantalla de dos canales con escalas diferentes, estimulación con doble pulso, control de la temperatura, permite grabar los experimentos, idioma castellano. Mantenido por: G Álvarez, Dpto. Fisiología y Biofísica Celular, Universidad de Sevilla, España. Software: Completo, documentado, gratis. Requerimientos: Windows 9x, 2K, XP

SPIKESHAPER

Permite evaluar y ajustar parámetros de modelos neuronales de compartimientos únicos del tipo H-H. construcción rápida de modelos, simulación de los efectos de cambios en las propiedades iónicas y cinéticas en patrones de potenciales de acción introducidos al programa. Mantenido por : W Heitler , School of Biology , University of St Andrews, Escocia. Software: Completo, documentado, con tutoriales , gratis. Requerimientos: Windows 9x, 2K, XP.

SCATLAB

Simulador de partículas y campos electromagnéticos, diagramas polar, theta, radiales, cross section, damping, depolarización, campos cercano y lejano, Lorentz, Drude, matriz T. Mantenido por: V Bazhan. Software: Completo, documentado, con tutoriales, gratis. Requerimientos: Windows 9x, 2K, XP.

THE RESPIRATORY SYSTEM

Once modelos que abarcan 11 áreas de la fisiología respiratoria, mecánica, respiratoria, intercambio gaseoso, relación ventilación/perfusión y equilibrio ácido / álcali. Mantenido por: H Modell y T Modell , Physiology Educational Research Consortium , Seattle y varias universidades de U.S.A . Software: Completo, documentado, con tutoriales , gratis. Requerimientos: Windows 9x, 2K, XP.

JAVA DEMOGRAPHY

Simulación poblacional humana o animal, multiparamétrica , detallada, analítica y/o gráfica, definible por el usuario. Autores: D Udovic , T Conlin y M Felt. Mantenido por: Biology Software Lab , Universidad de Oregon, USA. Software: Completo, applet , documentado, con tutoriales , gratis. Requerimientos: Multiplataforma, corre en línea como applet de Java.

VIRTUAL LAB

Simulación de soluciones de ácidos y bases, fuertes, débiles, conjugadas, indicadores, madres, sólidos, líquidos y gaseosos, pH, pKa, mezclas. Mantenido por: Chemistry Center, University of Wisconsin, USA. Software: Completo, applet, documentado, con tutoriales, gratis. Requerimientos: Multiplataforma, corre en línea como applet de Java.

JAVA EPIDEMIOLOGY

Calcula y analiza la dispersión de una enfermedad en una población determinada, maneja variables como promedio de muertes, nacimientos, tiempo de enfermedad, probabilidad de infección, incubación, portadores,
además de las características de la población afectada. Autores: D Udovic, T Conlin, M Felt. Mantenido por: Biology Software Laboratory, Universidad de Oregon. Software: Completo, gratis, applet, documentado, con tutoriales, sugerencias. Requerimientos: Multiplataforma, corre en línea como applet de Java.

GLUCOSIM

Modelo de reacciones químicas y procesos de transporte de la red de interacciones glucosa-insulina del cuerpo humano, incluye modelos de diabetes I y II, basado en las propuestas de Puckett, 1992; Cobelli 1983; Bergman, 1973; Leaning 1991. Autor: A Cinar, Dept. of Chemical and Environmental Engineering, Illinois Institute of Technology , USA . Software: Completo, gratis, muy documentado. Requerimientos: Multiplataforma, corre en línea como applet de Java.

VENTILATION / PERFUSION
DISTRIBUTIONS AND GAS EXCHANGE

Distribución de la ventilación fraccional, V/Q pulmonar, composición de la sangre venosa, FiO2 , Consumo de O2 , producción de CO2 , gasto cardiaco, ventilación minuto. Autor : K Kapitan , Southern Illinois University , School of Medicine , USA . Software: Completo, gratis, muy documentado. Requerimientos: Multiplataforma, corre en línea como applet de Java.

MÚSCULO ESTRIADO

Contracción en el músculo estriado, isotónica, isométrica, curva estiramiento-fuerza, treppe , tétanos, tiempo de contracción y relajación. Graba los experimentos creando una biblioteca. Autor: J Domínguez, A Gascueña , P de la Villa, J Ceballos . Dpto. Farmacología y Fisiología, Dpto. Automática, Universidad Alcalá de Henares, España. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Windows 9X, NT, 2K, XP.

SIMBIO

Simulador de sistemas biológicos como células cardiacas, epiteliales, pancreaticas , y similares. Escrito en Java y con capacidad de resolver ecuaciones diferenciales. Posee una biblioteca de modelos celulares, tutoriales y extensa documentación. Autores : N Sarai , S Matsuoka, A Noma , Department of Physiology and
Biophysics, Kyoto University Graduate School of Medicine, Kyoto, Japón.
Software: Completo , gratis, documentado . Requerimientos: Java, multiplataforma.

INFECTION SIMULATOR

Simula la infección de VIH y/o el uso de drogas como la cocaína en una población, así como las interacciones entre los individuos, permite simular más de una enfermedad o condición por individuo. Sus resultados son presentados en forma gráfica, Autor: sourceforge.net. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Windows.

CESE

Cell Electrophysiology Simulation Environment, paquete para simulación electrofisiológica en cualquier tipo de células (únicas), potenciales de acción, corrientes iónicas, efectos de concentraciones iónicas, temperatura, I-Vs, corrientes markovianas, puede usa modelos FitzHugh-Nagumo, Hodgkin-Huxley, Beeler-Reuter, Luo-Rudy Model I y II y más de 15 modelos adicionales. Los resultados son presentados en gráficos y en tablas y los exporta en varios formatos. Autor: S Missan, Biotech / Pharma Professionals Network member, Canadá. Software: Completo, gratis, documentado, librería y desarrollo de modelos. Requerimientos: Multiplataforma, Java runtime environment (JRE) version 1.5 (5.0) o superior. Corre en Windows, Linux, Solaris, MacOS X, AIX.

X-RAY SIMULATION

Sencillo programa de radiología clínica convencional, control del kilovoltaje, miliamperaje y tiempo de exposición, para obtener la placa radiográfica ideal. Autor: Escuela de salud Pública, University of Teesside, UK.
Software: Completo, gratis. Requerimientos: Multiplataforma, corre en línea.

ABSTRACTED PROTEIN SIMULATOR

Modela interacciones de proteínas en 3D a nivel mesoscópico. Autoarreglos y operaciones de máquinas proteicas conteniendo de 10s a 100s proteínas en dominios temporales y espaciales. Capacidad en densidades sinápticas, arreglos de canales iónicos, citoesqueleto, memoria, autoarreglo viral. Permite formas de proteína, sitios de unión, probabilidad de cambios de estado. Los algoritmos se basan en técnicas Monte-Carlo. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Versiones disponibles en Linux, Windows y Mac. Winzip/Winrar

DAD (DIODE ARRAY DETECTOR)

Macro de excel (95) para la simulación de las librerías espectrales de drogas y toxinas, tiempos de retención y espectros UV. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Excel 95, Win95 o superior, Winzip/Winrar .

CANCER HIT

Permite determinar cómo afectan la rata y número de mutaciones afecta la incidencia a corto, mediano y largo plazo, de cáncer en una población. Software: Completo, gratis, documentado. Requerimientos: Corre en línea.

KIDNEY SIMULATOR

Apartir de los datos de: ingesta de líquidos, flujo plasmático renal,peso,talla del paciente, permite calcular la concentración instantánea yla ratade flujo por unidad de masa de: urea, sodio, potasio, agua,glucosa, cloro y bicarbonato. Creado en el Dpto. de Bioingeniería,Universidad Rice, Texas,U.S.A. Software: Completo , gratis, documentado, Java applet.Requerimientos: Corre en línea, Java.

PROGRAM IN SYSTEMS IMMUNOLOGY AND INFECTIOUS DISEASE MODELING (PSIIM)

Program in Systems Immunology and Infectious Disease Modeling (PSIIM) Modelaje de moléculas y sus propiedades, complejos moleculares, transformaciones enzimáticas, compartimientos extracelulares, protocolos experimentales, dinámica de reacciones moleculares, señalización intracelular. Creado por: National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), National Institutes of Health (NIH), Department of Health and Human Services (HHS) USA. Software: Completo, gratis, con tutoriales, muy documentado. Requerimientos: Windows, Mac, Linux.

JWS ONLINE
MODEL DATABASE

Simulador multimodelo con base de datos de modelos metabólicos, celulares, poblacionales, bioquímicos, etc. Aporta los resultados tanto gráfica como analíticamente con capacidad de exportar la data. La base de datos actual dispone con más de 8 modelos y 8 categorías diferentes. Software: Gratis, con tutoriales, muy documentado, multiplataforma, corre en línea. Requerimientos:Java, Windows, Mac, Linux.

WEB-HUMAN

Modelaje de respuestas normales y patológicas cardiovasculares, respiratorias, renales, balance ácido-base, regulación de temperatura, fiebre, balance hidroelectrolítico, endocrino, neurológicas, musculares. Maneja más de 60 variables. Resultados en data y gráficos. Mantenido por la Universidad Skidmore, Florida, USA. Software: Completo, gratis, con tutoriales, muy documentado, multiplataforma, corre en línea. Requerimientos: Windows, Mac, Linux.

CALCIUM ION SELECTIVE ELECTRODE SIMULATION

Simulación de mediciones de concentración de Calcio por electrodos selectivos a iones, usa el método de la adición estándar. Generado en la Universidad de Maryland, USA. Software: Gratis, con tutoriales, muy documentado, vínculos de interés. Requerimientos: Windows 98, 2K, XP, Vista, Mac.